Các chi tiết về các đặc tính bổ sung không được đưa ra, điều này khiến nó khó khăn hơn cho các hãng bên thứ ba cung cấp các công cụ để xử lý NTFS.

Linux

Khả năng đọc và ghi NTFS được cung cấp bởi trình điều khiển NTFS-3G. Nó có trong hầu hết các bản Linux. Cái khác đã lỗi thời và các giải pháp chỉ đọc phần lớn đang tồn tại gồm:

• Hạt nhân Linux (kernel) 2.2: các phiên bản hạt nhân 2.2.0 và sau này bao gồm khả năng đọc các phân vùng NTFS
• Hạt nhân Linux (kernel) 2.6: các phiên bản hạt nhân 2.6.0 và sau này có chứa một trình điều khiển được viết bởi Anton Altaparmakov (Đại học Cambridge) và Richard Russon. Nó hỗ trợ đọc tập tin, ghi đè lên và thay đổi kích cỡ.
• NTFSMount: Một trình điều khiển đọc/ghi không gian người dùng NTFS. Nó cung cấp truy cập đọc-ghi đến NTFS, ngoại trừ các tập tin mã hóa và ghi nén, thay đổi quyền sở hữu tập tin và các quyền truy cập.
• NTFS cho Linux: Một trình điều khiển thương mại với hỗ trợ đầy đủ đọc/ghi sẵn có từ Paragon.
• Captive NTFS: Một trình điều khiển 'gói' được sử dụng trên trình điều khiển riêng của Windows, đó là ntfs.sys.

Lưu ý rằng cả ba trình điều khiển không gian người dùng, cụ thể là NTFSMount, NTFS-3G và Captive NTFS được xây dựng trên Filesystem in Userspace (FUSE - Hệ thống tập tin trong không gian người dùng), một module hạt nhân Linux thao tác với cầu nối không gian người dùng và mã hạt nhân để lưu và lấy dữ liệu. Hầu hết các trình điều khiển được liệt kê ở trên (ngoại trừ Paragon NTFS cho Linux) là mã nguồn mở (GPL). Do sự phức tạp của các cấu trúc NTFS bên trong, cả trình điều khiển hạt nhân 2.6.14 và FUSE được cài sẵn không cho phép thay đổi ổ đĩa bị coi là không an toàn nhằm tránh lãng phí.

Mac OS X

Mac OS X v10.3 và các phiên bản sau này gồm hỗ trợ chỉ đọc cho các phân vùng định dạng NTFS. NTFS-3G có giấy phép GPL cũng làm việc trên Mac OS X thông qua FUSE và cho phép đọc và ghi vào các phân vùng NTFS. Một giải pháp độc quyền cho Mac OS X với truy cập đọc/ghi là "Paragon NTFS cho Mac OS X". Hỗ trợ ghi NTFS được phát hiện trong Mac OS X 10.6, nhưng chưa được kích hoạt như phiên bản 10.6.1, dù việc bẻ khóa để kích hoạt chức năng này đã được thực hiện.

Microsoft Windows

Trong khi các phiên bản NTFS khác nhau dành cho hầu hết các phần đều hoàn toàn tương thích ngược và tương thích xuôi, cần cân nhắc kỹ thuật cho việc cài các ổ đĩa NTFS mới trong các phiên bản cũ của Microsoft Windows. Điều này ảnh hưởng tới khả năng khởi động kép, và ổ cứng di động gắn ngoài.Ví dụ, cố gắng sử dụng một phân vùng NTFS với "Các phiên bản trước" (còn gọi là Volume Shadow Copy) trên một hệ điều hành mà không hỗ trợ nó, sẽ khiến các nội dung của những phiên bản trước đó bị mất.

Những hệ điều hành khác

eComStation, KolibriOS, và FreeBSD đưa ra khả năng hỗ trợ chỉ đọc NTFS (đây là trình điều khiển NTFS beta cho phép ghi/xóa cho eComStation, nhưng nó không hoàn toàn an toàn). Một công cụ miễn phí của bên thứ ba cho BeOS, mà dựa trên NTFS-3G cho phép đọc và ghi hoàn toàn NTFS. NTFS-3G cũng làm việc trên Mac OS X, FreeBSD, NetBSD, Solaris và Haiku, cộng với Linux dùng FUSE. Một trình điều khiển đọc.ghi cá nhân miễn phí cho MS-DOS được gọi là "NTFS4DOS" cũng được phát hành.

Tương thích với FAT

Microsoft hiện đang cung cấp một công cụ (convert.exe) để chuyển đổi HPFS (chỉ có trên Windows NT 3), FAT16 và FAT32 (trên Windows 2000 và phiên bản Windows cao hơn) thành NTFS. Các công cụ của nhà phát triển thứ ba có mọi khả năng để thay đổi kích thước phân vùng NTFS an toàn. Microsoft thêm vào khả năng thu hẹp hoặc mở rộng một phân vùng với Windows Vista, nhưng khả năng này bị giới hạn bởi nó sẽ không di chuyển các mảnh tập tin trang nhớ hoặc tập tin đã được đánh dấu là cố định, do đó hạn chế khả năng thu hẹp một phân vùng. Khởi động lại mà không có tập tin trang nhớ hay sử dụng một công cụ của nhà phát triển thứ ba để chống phân mảnh, nó có thể làm giảm bớt trạng thái nếu tập tin trang nhớ này là tập tin cố định.Vì lý do lịch sử, các phiên bản của Windows mà không hỗ trợ NTFS đều giữ thời gian bên trong như múi giờ địa phương, và do đó mọi hệ thống tập tin khác ngoài NTFS được hỗ trở bởi các phiên bản hiện nay của Windows cũng làm vậy. Tuy nhiên, Windows NT và các hệ điều hành Windows sau này đều giữ nhãn giờ như UTC và làm cho các chuyển đổi thích hợp cho các mục đích hiển thị. Do đó, các nhãn giờ NTFS là UTC. Điều này có nghĩa là khi các tập tin được sao chép hoặc di chuyển giữa các phân vùng NTFS và không phải NTFS, hệ điều hành cần chuyển đổi các nhãn giờ cho phù hợp. Nhưng nếu một số tập tin được di chuyển khi tiết kiệm ánh sáng ngày (DST) có hiệu lực, và các tập tin khác được di chuyển khi giờ chuẩn có hiệu lực, có thể có một số điều không rõ ràng trong việc chuyển đổi. Kết quả là, đặc biệt là ngay sau khi một trong các ngày mà múi giờ địa phương thay đổi, người dùng có thể quan sát một số tập tin có nhãn giờ lệch một giờ. Do sự khác biệt trong việc thực hiện DST giữa bán cầu bắc và nam, điều này có thể gây lỗi nhãn giờ lên tới 4 giờ trong 12 tháng.